初期，乌罗、平头的土司投降献地，从而获准世袭。康熙九年（1671），铜仁副将贺国贤镇压苗民起义后，在松桃境内设置龙头、马脑台、盘石、正大、太平等10多个营。康熙四十二年（1703），朝廷用武力推行“改土归流”政策，广设营汛，并于次年以铜仁知府副职任铜仁理苗同知，驻正大营，专理苗务。雍正八年（1730），将铜仁理苗同知移驻长冲（老松桃），改名松桃理苗同知，正大营则改置巡检司。次年，把松桃理苗同知从长冲移至蓼皋，由于此地原属四川行省酉阳州邑梅司九江里，当时协商，拟拨九江、清水江、明镜江3个里归松桃，但酉阳仅同意划拨明镜、清水二里，九江里除松桃城基外，仍属邑梅司。雍正十二年（1734），移正大营巡检司驻盘石营，置正大营县丞，隶属铜仁县。雍正十三年（1735），移松桃理苗同知和铜仁副将驻于城中。乾隆二年（1737），设臭脑、落塘、大塘、木树、康金、大平茶、芭茅、岩坳、乾塘10个营汛。乾隆六年（1740）开始勘定厅界。十五年（1750），在川、湘、黔交界处设坝得塘（今迓驾镇境内）。嘉庆二年（1797），清廷在镇压石柳邓等苗民起义后，升松桃厅为直属贵州省管辖的直隶厅，将铜仁府的乌罗、平头两司划属松桃直隶厅管辖，但平乌吏目仍归铜仁府管辖，即旧志所称的“借地设官”。嘉庆六年（1780），又设石岘卫，下辖大营、绥列、得胜、久安、怀恩、茶园、西溪、太平八堡。

另外，康熙二十三年，因屯军与民无异，屯兵制名存实亡，将湖广行省镇远卫改属贵州镇远府，改四十八旗军屯地为四十八溪主簿，改四营为上寨、甘佃、贵溪、龙眉四目，并将主簿署由贵溪屯移驻堡脚。

至道光十五年（1835），松桃直隶厅辖石岘卫、平头著可司（正、副长官司）、乌罗司、麻兔司和康金、盘石、麦地、芭茅坪、构皮、岩坳、正大营、落塘、大平茶、太平营、大塘、木树、振武、坝得、凉亭坳15个汛。